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宏基因组

货品介简

宏基因组是指特定环境中全部微生物遗传物质的总和,宏基因组测序以特定环境中全部微生物群落作为研究的对象,提取环境微生物总DNA进行测序及分析;宏基因组摆脱了传统微生物研究中分离培养的技术限制,在基因组水平解读微生物群体的多样性和丰度,探索微生物与环境及宿主之间的关系。
学习方式

1) 数据质控
2) 基因组组装及基因预测
3) 物种注释
   各分类水平上物种丰度图;Alpha多样性分析;样品间差异组成PCA分析;
4) 基因组分预测
   基因预测;转座元件预测;前噬菌体预测
5) 基因功能注释
   基因家族分类;通用数据库注释:GO, KEGG, COG, Swiss-prot, Nr, KOG, pfam;专用数据库注释;
6) 多样品比较分析
   筛选与样品分组显著相关因子(基因、功能);基于筛选因子对样品进行主成分分析(PCA);基于筛选因子对样品进行  聚类分析。
结论展现

送样意见与建议

1、一般以土壤、水体、肠道、根际等微生物为研究对象;
2、样品选取需要以时间、地域、深度、部位等为参考,建议每个样品设置3个以上生物学重复;
3、DNA要求:总量≥150ng,浓度≥50ng/µl,OD260/280:1.8-2.0,电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解;
4、组织样要求:土壤、根系等固体样本约1-3g;菌液样本需离心取沉淀物,不少于50mg;

010-80543251

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