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SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

16S/18S/ITS多样性

品牌筒介

微怪物多种特殊性深入概述是间接从印刷品中分离出染色体组DNA后开展测序深入概述。它是确认对印刷品中微怪物16S/18S/ITS高变区的增加物品开展高通骁龙量测序,深入概述该印刷品中微怪物群落的多种特殊性和布局有原则。 微的微生物各异性最主要的探讨物体为:疾病(16S)、真菌孢子(18S/ITS)、古疾病(16S)。因为现如今mtk量测序技木受其测序读长的束缚,于是之所以是需要对应测序物体的这部分路段去测序阐述,因此又被称为为增加子测序。相当在探讨共融菌时,一半会起出于宿体的生态破坏,提醒独立样板的测序资料量从以往的3-3万tags挺高到8-3万tags。

科学研究东西

1) 序列优化及质控
2) 测序数据介绍
3) 数据过滤及质量评估
4) 各样本ASV数量展示
5) ASV韦恩图分析
6) 物种分类与相对丰度统计
7) 物种丰度聚类热图
8) 分类学树状图
9) KRONA物种注释
10) Ternary 三元相图
11) 样本与物种丰度circos图
12) Metastat分析
13) LEfse分析
14) 物种丰度STAMP(Welch’s t-test)分析
15) Alpha多样性指数统计
16)  样本丰富度稀释曲线
17) 香农指数曲线(Shannon index curve)
18) 物种累积曲线
19) 等级丰度曲线(Rank Abundance Curve)
20) Alpha多样性指数组间差异分析
21) Beta多样性分析
22) PCA分析
23) PCoA分析
24) UPGMA聚类树分析
25) 样本距离矩阵热图展示
26) 限制性主坐标轴分析(db-RDA)
27) 组间群落结构差异显著性检验

28) Adonis多块大洋方差讲解和更换质量检验 29) ANOSIM差不多度研究分析 30) MRPP研究分析 31) Beta多样化性类似的性组间地域差异定量分析 32) 用途基因组预侧概述 33) PICRUSt2作用分析预测 34) 模块注脚PCA具体分析 35) pathway产生信号通路不同讲解(STAMP) 36) FAPROTAX工作预估 37) 鱼类重要性性无线网络图 38) 随机性丛林讲解 39) 随即树丛无辅导定义解析 40) 交叠核实选取更好量植物物种 41)  重复丛林种类予测 42) 微产气荚膜梭菌群落与区域环境因素相关的性剖析 43) 大环境要素两者之间自关联性阐述 44) Mantel test深入分析 45) RDA/CCA深入分析 46) db-RDA工作环境指数公式分享

最终结果分享


送样改进措施:

1、通常情况以土壤环境、人工湿地、肠管、根际等生物技术为的研究客体; 2、样本挑选必须 以时光、区域、深浅、内脏器官等为学习,可以4个样本安装3个上面动物学反复; 3、DNA需要:数量≥150ng,氨水浓度≥50ng/µl,OD260/280:1.8-2.0,电泳需要:主带流畅,无挥发或轻中度挥发; 4、安排样让:土壤中、植株等膏状子范本约1-3g;菌液子范本需离心法取沉淀自己物,不高于50mg;
010-80543251

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